[cent]

Mendel Deneyi ile kendi DNA nızı tespit edin

Tüm canlı birimler -canlı olup olmadıkları konusunda ortak bir görüş bulunmayan virüsler de dâhil olmak üzere- programlarının, yani bir nevi kaderlerinin yazılı olduğu bilgiyi kendi içlerinde, 50’li yıllarda çift sarmal yapıda olduğu bulunarak moleküler biyoloji ve genetik çağının başlamasına neden olan DNA molekülü aracılığı ile saklamaktadırlar. Son çeyrek yüzyılda bu alanda ışık hızına yakın bir hızla meydana gelen gelişimler artık toplum tarafından izlenemeyecek, takip edilemeyecek bir düzeye gelmiştir. İzleyebilenlerin sahip oldukları doğru bilgiler de ne yazık ki basın yayın organlarının tiraj kaygısı ile yaptıkları sansasyonel, saptırıcı haberler ile birlikte karman çorman edilmekte ve böylece bilimsel bilginin popülerleşmesi, topluma indirgenmesi de zorlaşmaktadır. Katıksız bilimsel bilgi birikimin toplum tarafından anlaşılacak düzeyde aktarılmasını sağlayacak kurumların, dergi-kitapların, bireylerin sayısının artması daha sistematik, sorgulayıcı, mantıklı-bilimsel düşünebilen, gelişkin, ilerlemeci bir halkın oluşmasına neden olacaktır. Ve bu da örneğin genetik kopya koyun Dolly’nin 6 yaşındaki ikizinden şıp diye 6 yaşında olarak meydana getirildiğini zanneden kişilerin sayısında azalma meydana getirecektir.

Peki, DNA’yı neden çıkarılır? DNA ile ne yapılabilir?

DNA molekülü birçok nedenden dolayı hücre çekirdeklerinden çıkartılır. Saf DNA çıkarımı örneğin yeni doğmuş bir bebeğin genetik hastalığı olup olmadığını test etme, adli vakalar için analiz yapma veya herhangi bir hastalıkla ilgili genler hakkında çalışmalar yapılabilmesi gibi aklınıza gelebilen birçok amaç için yapılması gereken ilk adımdır.Evde kendi DNA’mızı çıkarabilmek için ilk önce DNA’ya sahip bir şeylere ihtiyacımız olacak. Ispanak, et, çilek, bezelye vs gibi... Genetiğin babası Mendel’e atfen biraz bezelye bulalım ve deney tarifimize başlayalım.

Aşama–1: Bezelye hücrelerini birbirinden ayırabilmek için ilk önce bir karıştırıcı (mixer/blender) buluyoruz ve yarım fincan bezelye (100 ml), bir fincan kadar soğuk su (200 ml) ve 1/8 çay kaşığı sofra tuzunu 15–20 sn. kadar mikserde bezelye-hücre çorbası haline gelene kadar karıştırıyoruz.
—Yüksek hızda karıştırmamızın amacı hem bezelye hücrelerini mikserin sağladığı fiziksel kuvvet etkisi ile birbirinden ayırmak hem de bezelye hücrelerinin duvarlarını parçalamaktır.

—Tuz eklemekteki amacımız ise deneyin ileri aşamasında ekleyeceğimiz etil alkol ile DNA’nın katılaşıp görünür olması ve çökelti haline getirmektir.

—Soğuk su ise DNA’nın çıkartımı süresince enzimatik reaksiyonlarla zarar görmesini azaltacaktır. Çünkü deterjan ekleme aşaması ile çekirdek zarı parçalandığında DNA, sitoplazmada DNA’ya zarar veren enzimler ile karşı karşıya kalacaktır.

Aşama–2: Hücre çorbamızı elde ettikten sonra çorbamızı bir süzgeç aracılığı ile yeni bir kaba boşaltalım. Boşalttıktan sonra 2 servis kaşığı (30 ml) sıvı deterjanı kaba ekleyip iyice karıştıralım sonra da 5–10 dakika reaksiyonun gerçekleşmesi için bekleyelim. Daha sonra da temiz tüp veya bardaklarımıza 1/3’ü dolu olacak şekilde karışımımızı dökelim.

Gerçekleşen reaksiyonla birlikte hücre ve çekirdek zarları parçalanır

Çekirdek içerisindeki DNA’ya ulaşabilmek için deterjan kullandık. Peki, deterjan bu işlemi nasıl gerçekleştiriyor?

Kirli, yağlı ellerimizi yıkadığımız sabunları düşünelim. Sabun molekülleri ne yapmaktadır da yağ moleküllerini uzaklaştırmaktadır? Yağ ve sabun (deterjan) molekülleri suyu seven (hidrofilik) ve sevmeyen (hidrofobik) iki kısımdan oluşmaktadır.Suya atılan yağ veya sabun molekülleri kendilerini küreler (hidrofilik olan baş kısımları dışarı, hidrofobik olan kuyruk kısımları içe doğru ) oluşturacak şekilde düzenlerler. Ayrıca bir sabun molekülü yağ molekülüne yaklaştığında benzer yapıda olmalarından dolayı birleşebilirler.Bir hücre zarı içerisine proteinlerin gömülü olduğu iki katlı yağ moleküllerinden oluşur.Bir deterjan molekülü hücreye yaklaştığında zardaki yağ ve protein moleküllerini yakalar ve onlarla birleşir. Bu da zarın parçalanmasına neden olur.
Aşama–3: Bu aşamada hücresel çorbamızda bulunan proteinleri ve DNA’yı koruyan, saran proteinleri (Histonlar) parçalamak için tüp(ler)deki karışımımıza proteinleri parçalayıcı enzim (proteazlar) ekleyeceğiz. Enzim olarak ne kullanmamız gerekir diye sorulacak olursa ananas suyu veya lens silme çözeltilerini kullanabiliriz. Birkaç damla enzim koyduktan sonra yumuşak bir şekilde tüpümüzü karıştırıyoruz. Yavaş bir şekilde karıştırmaya özen göstermeliyiz. Aksi takdirde DNA’mızı kırabiliriz.

Aşama–4: Enzimimizi de tüpümüze ekledikten sonra %70’lik etil alkolden (70 ml saf etil alkolün 100 ml’ye saf suyla tamamlanması ile de elde edilebilir.) tüpümüze tüp içerisindeki hacim kadar dökelim. Alkol yoğunluk olarak daha hafif olduğundan hücresel çorbamızın üzerinde bir katman oluşturacaktır.

Bu aşamada hücresel çorbada bulunan DNA molekülleri yukarıya, alkol tabakasına yükselecek; protein ve yağ molekülleri ise dibe doğru, sulu kısma doğru hareket edecektir. DNA’nın üst katmanda kümeleşmeye başladığını göreceksiniz.DNA molekülleri alkolde çözünmediğinden bir araya gelerek kümeleşir.

Bu dört aşama sonunda Dna nız oluşur.





Kaynak:Gen bilim.com

Makale Alp eren Halim Kılıç